化学交联质谱法（XL-MS）
化学交联是一种基于质谱(MS) 的技术，可以同时确定蛋白质结构和蛋白质间相互作用。它适用于线性和不连续表位，但需要专门的设备和质谱专业知识。该领域的最新发展包括光交联以实现更精确的空间控制、将XL-MS 与氢-氘交换 (HDX-MS) 相结合以提高分辨率，以及开发MS 可裂解交联剂以更轻松地进行数据分析。
X 射线晶体学被认为是结构表位图谱的黄金标准，但计算机模拟方法的进步正在引发向计算方法的转变，因为计算方法具有更高的准确性和高通量特性。X 射线晶体学为线性和复杂构象表位提供了抗体-抗原相互作用的近原子分辨率模型。它因其准确性和提供结构背 亚美尼亚手机数据 景以及结合机制见解的能力而受到重视。然而，它耗时且资源密集，可能无法捕捉结合的动态方面。一个关键的挑战是这种技术需要大量的物理材料（蛋白质），而且并非所有蛋白质复合物都会结晶。
核磁共振（NMR）光谱
NMR 光谱是另一种表位定位技术，它提供的信息比肽图谱更详细，速度也比 X 射线晶体学更快，但价格昂贵。它能够在接近生理条件下检查蛋白质，还能识别次级结合位点。其局限性包括对非常大的蛋白质复合物的功效降低，与 X 射线晶体学和低温电子显微镜相比，分辨率较低。
低温电子显微镜（cryo-EM）
低温电子显微镜 (cryo-EM) 可让科学家观察近乎天然状态的生物分子，无需结晶即可实现原子级分辨率。虽然低温电子显微镜非常适合大型复合物，但对于小蛋白质，它通常难以实现高分辨率。该过程也耗时且昂贵。