知识图谱已成为应对快速扩展和日益分散的异构、多模态和复杂生物医学信息量所带来的挑战的关键工具。生物医学本体是创建基于本体的生物医学知识图谱的基础，该图谱能够将所有现有的生物知识构建为语义生物医学数据的全景。例如，可扩展精准医学开放知识引擎(SPOKE) 是一个连接 41 个生物医学数据库中数百万个概念的生物医学知识图谱，它使用 11 种不同的本体作为框架来语义地组织和连接数据。这个海量知识引擎整合了各种各样的信息，如蛋白质、途径、分子功能、生物过程等，并已用于一系列生物医学应用，包括药物再利用、疾病预测和转录组数据解释。
基于本体的知识图谱也将成为精准医疗发展的关键，因为它们能够标准化和协调不同组织规模的数据资源，包括多组学数据、分子功能、细胞内 奥地利手机数据 和细胞间途径、表型、治疗学、环境影响等，形成一个整体网络。
使用本体来丰富生物医学知识图谱的语义也有助于加速生物医学数据的FAIRification，并使研究人员能够使用基于本体的查询以更高的准确度和精确度回答更复杂的问题。
然而，在生物医学研究中更广泛地使用本体论仍面临一些挑战。生物医学本体论将在生物医学知识的表示和标准化中发挥越来越重要的战略作用。然而，鉴于其快速增长，未来的重点将放在开发遵循数学上精确的共享标准和良好实践设计原则的生物医学本体论上，以确保它们更具互操作性、可交换性和可检查性。